A Universidade Fernando Pessoa indicou à Agência de Avaliação e Acreditação do Ensino Superior (A3ES) nomes de médicos que não concordaram em ser orientadores dos estudantes do novo curso de Medicina, recentemente aprovado. 

Além disso, de acordo com o jornal Público, o presidente da comissão que deu "luz verde" ao curso assinou, quando liderava o Instituto Nacional de Medicina Legal, um acordo de parceria com a universidade que foi depois usado na candidatura que teve de avaliar. 

Em reposta a Universidade Fernando Pessoa contradiz-se. A instituição diz que só serão convidados os docentes orientadores "após a celebração do contrato de prestação de serviços de formação clínica com cada uma das unidades de saúde protocoladas e constantes da candidatura e com as outras que, acreditado o curso, se disponibilizarem, de imediato, para assinar também esse contrato". 

No entanto, na proposta analisada pela A3ES os médicos já estão claramente identificados pelo nome profissional e especialidade médica. Alguns deles são antigos prestadores de serviços do Hospital-Escola de Gondomar.

O curso de Medicina da Universidade Fernando Pessoa recebeu acreditação em janeiro de 2023, depois de duas tentativas falhadas em 2010 e 2012.